З нагоды 370-х угодкаў Ужгарадскай Уніі Апостальскі візітатар для грэка-католікаў Беларусі архімандрыт Сяргей (Гаек) павіншаваў іерархаў Мукачаўскай епархіі Русінскай Грэка-Каталіцкай Царквы на Закарпацці.
Ужгарадская Унія паміж праваслаўнымі хрысціянамі Закарпацця і Каталіцкай Царквой была заключана 24 красавіка 1646 г. ва Ужгарадзе. Хрысціянства на Закарпацці пачынаецца ад часоў місіі святых Апосталаў славянскіх Кірыла і Мятода, а гэта азначае яшчэ да падзелу Цэркваў.
Пасля падзелу паміж Рымам і Канстантынопалем праваслаўныя русіны, якія пражывалі на Закарпацкай Русі і ўсходняй частцы так званай Верхняй Вугоршчыны, знаходзіліся пад духоўнай уладай біскупаў мукачаўскіх, якія паступова пашырылі сваю юрысдыкцыю на ўсходнюю Вугоршчыну. Пасля распаду Вугорскага Каралеўства на пачатку XVI стагоддзя гэтыя землі на два стагоддзі апынуліся пад уладай князёў Сяміградзя (Трансільванія) з рода Баторыя і Ракоцы, якія праводзілі ўзмоцненую кальвінізацыю і секулярызацыю гэтых земляў.
У першай палове XVII стагоддзя гэтая дзейнасць набыла моцы і паставіла пад пагрозу існаванне праваслаўнай Царквы ва ўсходняй Вугоршчыне. Тагачасны праваслаўны біскуп Мукачава Базыль Тарасовіч, не маючы падтрымкі з боку царкоўных структураў, але заахвочаны габсбурскім пасадам, звярнуўся па дапамогу да Каталіцкай Царквы.
У 1642 годзе ў Вене біскуп Базыль Тарасовіч прыняў Унію з Рымам, пакідаючы за сабой датрыманне ўсходняга абраду. Аднак тагачасны сямігародскі князь Юры ІІ Ракоцы выслаў біскупа-унята са свайго княства.
Толькі 24 красавіка 1646 г. ва Ужгарадскім замку, дзякуючы наступнаму Мукачаўскаму біскупу Пятру Растачынскаму і біскупу Эгера Юрыя Янкусіча, 63 праваслаўныя святары далучыліся да Уніі. Яе тэрытарыяльныя межы ахоплівалі 420 парафій на землях цяперашняй усходняй Славаччыны, а з часам і ўсё Закарпацце, вернікамі якіх былі русіны, якія пражывалі на гэтых тэрыторыях.
Арганізацыя ўнійнай Русінскай Царквы ўмацавалася ў часы наступнага біскупа Мукачаўскага Пятра Пятровіча (1651-1655). Аднак гэтая Царква пэўны час знаходзілася ў цяжкім становішчы з-за пастаяннага суперніцтва паміж тронам Габсбургаў у Вене і князямі Сяміграду (Трансільваніі).
У 1771 годзе была фармальна вызнана грэка-каталіцкая Мукачаўская епархія.
Пасля праведзенага па ініцыятыве сталінскага таталітарнага рэжыму Львоўскага царкоўнага псеўда-сабору ў 1946 г. Мукачаўская грэка-каталіцкая епархія разам з УГКЦ была абвешчаная распушчанай, яе царкоўная арганізацыя была гвалтоўна ліквідавана.
30 лістапада 1988 г. Рада па справах рэлігій пры Савеце Міністраў СССР зрабіла заяву аб рэгістрацыі грэка-каталіцкіх рэлігійных супольнасцяў. Пасля больш чым 40-гадовага перапынку Грэка-Каталіцкая Царква афіцыйна аднавіла свае структуры.
Па дадзеных на 1 студзеня 1999 году ў Закарпацкай вобласці было адноўлена 289 грэка-каталіцкіх парафій.
***
Паводле дадзеных 2015 г. Мукачаўская грэка-каталіцкая епархія налічвае 320.000 вернікаў у 436 парафіях, аб'яднаных у тры акругі (Ужгарадскі архідыяканат, Мукачаўскі архідыяканат, Хусцкі біскупскі вікарыят). Пастырскае служэнне нясе 320 святароў ды каля ста семінарыстаў, існуе 167 новазбудаваных храмаў і капліц, не лічачы тых, якія дзейнічаюць у прыстасаваных памяшканнях. Акрамя таго, богаслужэнні адпраўляюцца яшчэ ў 130 старых храмах, якія былі вернутыя пасля легалізацыі Грэка-Каталіцкай Царквы. Будуюцца 55 цэркваў, акрамя таго ёсць 14 храмаў, дзе грэка-католікі моляцца па чарзе з праваслаўнымі, і каля 20, якія выкарыстоўваюцца разам з рыма-католікамі.
Епархіяльным біскупам Мукачаўскай грэка-каталіцкай епархіі ёсць Уладыка Мілан (Шашык), дапаможным біскупам Уладыка Ніл (Лушчак).